Kweekgebieden Waddenzee en Oosterschelde
In de bodemcultuur gebeurt het opkweken van mosselzaad tot consumptiemossel op de Oosterschelde en in de Waddenzee. Ook in het Duitse deel van de Waddenzee worden mosselen gekweekt, die via de Nederlandse Mosselveiling in Yerseke worden verkocht. In totaal gaat het om ca. 7.000 ha. kweekpercelen, waarvan de meeste in de Waddenzee. Door de sterke invloed van eb en vloed – en het hierdoor hogere aanbod van voedsel voor de mosselen – is dit gebied het meest geschikt voor de kweek. De mosselopbrengst is door de dynamische omgevingskenmerken echter minder constant dan in de Oosterschelde. Stormen en vraat door predatoren zoals (eider)eenden, krabben en zeesterren kunnen in de Waddenzee grote invloed hebben op de hoeveelheden. Door de beschutte ligging is het risico op verlies door stormen in de Oosterschelde minimaal.
Kweekgebieden elders
Het deels kweken van Zeeuwse mosselen buiten Zeeland dateert van 1950. In dat jaar werd de Oosterschelde geteisterd door een parasiet die de totale mosselpopulatie aantastte. De eerste Zeeuwse mosselmannen weken daarop uit naar de Waddenzee. Op de Waddenzee vond tot dan toe wel mosselvisserij plaats (mosselzaad en halfwasmosselen) maar nog geen kweek. In de decennia daarna ontwikkelde zich hier een gunstige mosselkweek. In de Oosterschelde overwon de mosselsector in de tussentijd de parasiet. Verdeeld over beide Nederlandse kweekgebieden resulteerde dit in de jaren negentig van de vorige eeuw tot een jaarlijkse productie van circa 100 miljoen kilo. Circa 80 procent kwam daarbij uit de Waddenzee. Ook nu is dit nog steeds het belangrijke productiegebied voor de Zeeuwse mosselen.
Door natuurlijke omstandigheden en keuzes van de overheid voor het weren van de mosselvisserij uit delen van de Waddenzee, is de Nederlandse productie ten opzichte van de jaren negentig tegenwoordig grofweg gehalveerd. De Zeeuwse mosselkwekers zijn daarom ook samenwerkingen aangegaan met mosselkwekerijen in vergelijkbare gebieden elders in Noordwest-Europa, meer specifiek het Duitse en Deense deel van de Waddenzee, baaien aan de Ierse en Engelse kust en in de Deense fjorden. De kweekmethode van dezelfde Mytilus edulis-mossel is hier gelijk aan die in Nederland. Het gaat zowel om bodem- als hangcultuur. Door de Nederlandse mosselkwekers is daarbij veel geïnvesteerd om de kennis over en kwaliteit van het kweekproces op hetzelfde hoge niveau te brengen als in Nederland.
De geografische spreiding van het mosselareaal over meerdere gebieden in Noordwest-Europa heeft als voordeel dat voortdurend mosselen van goede kwaliteit beschikbaar zijn. Ook wanneer de groei in een van de gebieden tegenzit. Net als de mosselen uit de Oosterschelde en de Waddenzee worden de mosselen uit de Duitse Waddenzee, de Ierse en Engelse baaien in het Zeeuwse mosselhart Yerseke met zuiver Oosterscheldewater zandvrij gespoeld (verwaterd), verwerkt en verpakt. Daarom hebben zij de naam Zeeuwse mossel. Op de verpakking van mosselen is altijd te zien uit welk gebied deze afkomstig zijn.
Bodemcultuur versus hangcultuur
Naast bodemcultuur worden in Nederland ook mosselen volgens de hangcultuurmethode gekweekt. Bij de hangcultuur wordt het mosselzaad opgesokt in lange kousvormige katoenen netten met in het midden een touw. Gedurende de groei worden de mosselen enkele malen uitgedund en opnieuw opgesokt. Deze kweekmethode zorgt voor een aantal verschillen ten opzichte van de bodemkweek. In de eerste plaats groeien hangcultuurmosselen sneller doordat ze voedsel kunnen opnemen uit de waterkolom. Daarnaast worden de hangcultuurmosselen op een andere wijze machinaal onttrost, omdat ze door de snellere groei een minder sterke schelp bezitten. Verder hoeven hangcultuurmosselen niet te worden verwaterd. De mosselen komen immers niet in aanraking met de bodem en zijn dus al zandvrij. Alle hangcultuursystemen bevinden zich in Zeeuwse wateren.